{% extends 'stage.html' %} {% block title %} Alignment (using Tophat) {% endblock %} {% set active='tophat' %} {% block stage_note %}

Alignment (using Tophat)

Ipsum est alias nisi laboriosam tempore iste modi, fuga, ipsum. Et nihil harum veniam dicta recusandae. Natus ipsum hic nemo aspernatur quis exercitationem animi reiciendis atque. Accusamus impedit similique voluptatum modi accusamus commodi. Eaque facere necessitatibus pariatur aperiam officia consequatur? Quos ex numquam adipisci sit unde neque sequi eum sequi!

more information on this page.

{% endblock %} {% block panel %}

Summary

Detailed statistics of alignment output

Elit iure iure esse nam quaerat cum ad officia. Totam qui officia ipsam nobis commodi! Ratione possimus distinctio inventore aliquam.

More about by base.

Lorem atque esse atque soluta minima odio neque! Sequi iste sequi animi sunt cupiditate, amet, nemo in porro. Ullam accusantium aliquam suscipit aspernatur perspiciatis! Unde neque reiciendis ipsum iste nihil.

SRR950078 SRR950079
R1 R2 R1 R2
Input 111,037,701 111,037,701 110,014,689 110,014,689
Mapped 85328015 (76.8% of input) 87637379 (78.9% of input) 69545479 (72.3% of input) 65645479 (70.2% of input)
Multiple alignments 7069550 ( 8.3%, 8857 have > 20) 7531291 ( 8.6%, 9310 have > 20) 7069550 ( 8.3%, 8857 have > 20) 7069550 ( 8.3%, 8857 have > 20)
Summary 77.9% overall alignment rate 76.8% overall alignment rate

Detailed statistics of pairs alignment output

Lorem quod odit quasi aspernatur tenetur totam architecto enim hic!

More about by base.

Sit lorem accusamus earum magni quaerat porro accusantium atque iste quam necessitatibus. Inventore corrupti in at delectus quia velit eius cupiditate dignissimos! Reiciendis earum error culpa voluptas iste! Laudantium inventore mollitia ut sequi quas, laboriosam libero nulla, exercitationem adipisci illum? Ut earum earum eos illum dicta libero minus officia consectetur?

Type of Alignment

SRR950078 SRR950079
Aligned pairs 82411062 78410423
Multiple alignments 5165148 (6.3%) 4864532 (6.9%)
Discordant alignment 558406 (0.7%) 464364 (0.3%)
Summary 73.7% concordant pair alignment rate. 70.2% concordant pair alignment rate.
{% endblock %} {% block extra_js %} {% endblock %}